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#br *matlab講座その2：ROMS outputをmatlabで図化する [#d92af33d] #br * ROMS outputファイルを読み込む [#nd8175b4] 例えば，読み込みたいファイルを「roms_his.0124.nc」，1ファ... $ ncdump roms_his.0124.nc | less これでnetcdfファイルの中身を確認する．止める時は「:q」． このファイルをmatlabで読み込むには，以下のようにする． nc=netcdf('roms_his.0124.nc','r'); 変数「nc」に読み込むべきファイル（roms_his.0124.nc）が受... close(nc); この2つのコマンドの間にデータを読み込む．例えば水温tempを... nc=netcdf('roms_his.0124.nc','r'); dat=nc{'temp'}(:); close(nc); tempは4次元の配列（temp(1:tmax, 1:kmax, 1:jmax, 1:imax)）... tind=3; dat=squeeze(nc{'temp'}(tind, :, :, :)); つまり，4次元配列tempのうち，レコード番号3番のみを読むこ... size(dat) 仮に，imax=320, jmax=256, kmax=32だとすると，sizeコマンド... >> size(dat) >> ans = 32, 256, 320 のようになる．応用例として，レコード番号10，表層（k=kmax=... tind=3; kind=32; dat=squeeze(nc{'temp'}(tind, kind, :, :)); size(dat) ans = 256, 320 となる． ** ROMS gridファイルも読み込んでおく． [#p71d3420] 図化するためには空間座標データも必要になる．手っ取り早い... nc=netcdf('roms_grd.nc','r'); lon=nc{'lon_rho'}(:); lat=nc{'lat_rho'}(:); mask=nc{'mask_rho'}(:); close(nc); というような感じで，水平座標lon, latと，マスクを読み込む... mask(mask==0)=NaN; 上のコマンドはmatlabっぽい処理の仕方で，配列maskの全要素... ** 2次元pcolorプロットを作成する． [#d9bd7502] ncviewで見るようなカラーマップを作成する．上記の手順に従... figure; pcolor(lon, lat, dat.*mask); hold on; shading flat; caxis([15 25]); colormap(jet); colorbar; これできれいなSSTのマップが緯度経度座標軸を持った2次元プ... まず，1行目「figure」でグラフを描くべきfigureウィンドウを... 3行目は上記の例では不要だが，1つのfigureウィンドウ内で複... colormap(colormaps_rainbow) colormap(colormaps_bright) また，2行目のpcolor関数の引数において， dat*mask dat.*mask の違いに気をつけること．前者はスカラー量同士，あるいはス... dat./mask dat./20 のようにしないとエラーになる．「dat.*mask」の意味するとこ... ** 相対渦度の2次元pcolorプロットを作成する． [#q33b19a4] 海洋の乱流構造を理解する上で，相対渦度（curl u）を見る必... まずはグリッドファイルから必要な変数を読み込む．先程のSST... nc=netcdf('roms_grd.nc','r'); lon=nc{'lon_rho'}(:); lat=nc{'lat_rho'}(:); mask=nc{'mask_rho'}(:); f = nc{'f'}(:); pm = nc{'pm'}(:); pn = nc{'pn'}(:); close(nc); pmとpnはグリッド間隔dx，dyの逆数であり，渦度の計算に必要... 続いて，表層における流速の水平2成分をROMS outputファイル... tind=12; kind=32; nc=netcdf('roms_his.0124.nc','r'); u = squeeze( nc{'u'}(tind,kind, :, :)); v = squeeze( nc{'v'}(tind,kind, :, :)); close(nc); 渦度の計算には，関数「vorticity」を使う． chi = vorticity(u,v,pm,pn); これで（有次元：1/s）の相対渦度の鉛直成分（curl u）が求ま... chi = psi2rho(chi); さらに，fで無次元化するので， chi = chi ./ f; とする．ROMSがメソスケール渦を解像する程度の格子間隔（5km... プロットはSSTと同様に以下のようにすれば良い． figure; pcolor(lon, lat, chi.*mask); hold on; shading flat; caxis([-1 1]); colormap(colormaps_rainbow); xlabel('lon'); ylabel('lat'); title('normalized relative vorticity'); colorbar; SSTと違ってchiは正負の値を取るので，カラーマップはjetやbr... ** プロットを画像ファイルとして保存する． [#y8df42cd] このようにして作成した図面は，簡易的に表示するだけなら「j... figure; plot(x,y,dat); print('-djpeg90', 'output.jpg'); のように，直近で作成したfigureウィンドウに表示されている... print('-dpng', '-r200', 'output.png'); % PNGフォーマッ... print('-depsc2', 'output.eps'); % EPSフォーマット... print('-dpdf', 'output.pdf'); % PDFフォー... など．印刷品質を考えるとEPS出力が好ましく，印刷物上でカラ... print('-depsc2', '-cmyk', 'output.eps'); とすると良い． PDF出力は汎用性が高くてファイルサイズもEPSよりは小さくな...

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#br *matlab講座その2：ROMS outputをmatlabで図化する [#d92af33d] #br * ROMS outputファイルを読み込む [#nd8175b4] 例えば，読み込みたいファイルを「roms_his.0124.nc」，1ファ... $ ncdump roms_his.0124.nc | less これでnetcdfファイルの中身を確認する．止める時は「:q」． このファイルをmatlabで読み込むには，以下のようにする． nc=netcdf('roms_his.0124.nc','r'); 変数「nc」に読み込むべきファイル（roms_his.0124.nc）が受... close(nc); この2つのコマンドの間にデータを読み込む．例えば水温tempを... nc=netcdf('roms_his.0124.nc','r'); dat=nc{'temp'}(:); close(nc); tempは4次元の配列（temp(1:tmax, 1:kmax, 1:jmax, 1:imax)）... tind=3; dat=squeeze(nc{'temp'}(tind, :, :, :)); つまり，4次元配列tempのうち，レコード番号3番のみを読むこ... size(dat) 仮に，imax=320, jmax=256, kmax=32だとすると，sizeコマンド... >> size(dat) >> ans = 32, 256, 320 のようになる．応用例として，レコード番号10，表層（k=kmax=... tind=3; kind=32; dat=squeeze(nc{'temp'}(tind, kind, :, :)); size(dat) ans = 256, 320 となる． ** ROMS gridファイルも読み込んでおく． [#p71d3420] 図化するためには空間座標データも必要になる．手っ取り早い... nc=netcdf('roms_grd.nc','r'); lon=nc{'lon_rho'}(:); lat=nc{'lat_rho'}(:); mask=nc{'mask_rho'}(:); close(nc); というような感じで，水平座標lon, latと，マスクを読み込む... mask(mask==0)=NaN; 上のコマンドはmatlabっぽい処理の仕方で，配列maskの全要素... ** 2次元pcolorプロットを作成する． [#d9bd7502] ncviewで見るようなカラーマップを作成する．上記の手順に従... figure; pcolor(lon, lat, dat.*mask); hold on; shading flat; caxis([15 25]); colormap(jet); colorbar; これできれいなSSTのマップが緯度経度座標軸を持った2次元プ... まず，1行目「figure」でグラフを描くべきfigureウィンドウを... 3行目は上記の例では不要だが，1つのfigureウィンドウ内で複... colormap(colormaps_rainbow) colormap(colormaps_bright) また，2行目のpcolor関数の引数において， dat*mask dat.*mask の違いに気をつけること．前者はスカラー量同士，あるいはス... dat./mask dat./20 のようにしないとエラーになる．「dat.*mask」の意味するとこ... ** 相対渦度の2次元pcolorプロットを作成する． [#q33b19a4] 海洋の乱流構造を理解する上で，相対渦度（curl u）を見る必... まずはグリッドファイルから必要な変数を読み込む．先程のSST... nc=netcdf('roms_grd.nc','r'); lon=nc{'lon_rho'}(:); lat=nc{'lat_rho'}(:); mask=nc{'mask_rho'}(:); f = nc{'f'}(:); pm = nc{'pm'}(:); pn = nc{'pn'}(:); close(nc); pmとpnはグリッド間隔dx，dyの逆数であり，渦度の計算に必要... 続いて，表層における流速の水平2成分をROMS outputファイル... tind=12; kind=32; nc=netcdf('roms_his.0124.nc','r'); u = squeeze( nc{'u'}(tind,kind, :, :)); v = squeeze( nc{'v'}(tind,kind, :, :)); close(nc); 渦度の計算には，関数「vorticity」を使う． chi = vorticity(u,v,pm,pn); これで（有次元：1/s）の相対渦度の鉛直成分（curl u）が求ま... chi = psi2rho(chi); さらに，fで無次元化するので， chi = chi ./ f; とする．ROMSがメソスケール渦を解像する程度の格子間隔（5km... プロットはSSTと同様に以下のようにすれば良い． figure; pcolor(lon, lat, chi.*mask); hold on; shading flat; caxis([-1 1]); colormap(colormaps_rainbow); xlabel('lon'); ylabel('lat'); title('normalized relative vorticity'); colorbar; SSTと違ってchiは正負の値を取るので，カラーマップはjetやbr... ** プロットを画像ファイルとして保存する． [#y8df42cd] このようにして作成した図面は，簡易的に表示するだけなら「j... figure; plot(x,y,dat); print('-djpeg90', 'output.jpg'); のように，直近で作成したfigureウィンドウに表示されている... print('-dpng', '-r200', 'output.png'); % PNGフォーマッ... print('-depsc2', 'output.eps'); % EPSフォーマット... print('-dpdf', 'output.pdf'); % PDFフォー... など．印刷品質を考えるとEPS出力が好ましく，印刷物上でカラ... print('-depsc2', '-cmyk', 'output.eps'); とすると良い． PDF出力は汎用性が高くてファイルサイズもEPSよりは小さくな...

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