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ROMS/Visualization
Start:
#br
* ROMSの図化(簡易版) [#l1fcca2c]
#br
計算結果の簡単なチェックには「ncview」が便利です.論文や...
#br
* ncviewを使う [#i874d64d]
#br
$ ncview SCB2_avg.1770.nc
あるいは連番ファイルを一気に表示させることもできる.
$ ncview SCB2_avg.*.nc # ディレクトリ...
$ ncview SCB2_avg.0???.nc # 0000から0999まで
$ ncview SCB2_avg.0[0-2]??.nc # 0000から0299まで
-ncviewで好きな画像を表示させる。
--「Print」をクリック、DeviceをFileにして.ps形式(postscr...
$ convert filename.ps filename.jpg
などを使って好きなファイルフォーマットに変換する。
編集したい場合は、例えば「gimp」を使う。
$ gimp filename.jpg
#br
** ncviewを使って簡易アニメーションを作成する. [#a5bdc477]
#br
$ ncview -frames roms_out.????.nc
ncviewでアニメーションを表示させると,frames.00000.ppmの...
// $ ffmpeg -threads 8 -r 10 -i frame.%05d.ppm -sameq out...
$ ffmpeg -threads 8 -r 20 -i frame.%04d.png -qscale 0 ou...
// $ ffmpeg -threads 8 -r 20 -i frame.%05d.ppm -qscale 0 ...
これで「output.avi」というムービーファイルが作成される....
''注意点'':出力フォーマットによってはWindowsやMacでは再...
Windows XP + Powerpoint 2000の組み合わせでは、以下のよう...
$ mencoder input.avi -ovc lavc -lavcopts vcodec=msmpeg4v...
あるいは,
$ mencoder input.avi -o output.wmv -of lavf -oac lavc -o...
ここで、input.aviは入力ファイル(ncviewからの.ppmファイル...
なお,上記はmencoderのオプションのほんの一例であるので,...
再生する時は,例えば「mplayer」を使う.
$ mplayer -loop 0 output.avi
--「-loop 0」オプションを指定すると,アニメーションが繰り...
#br
** Matlabを使う。 [#hbecd62a]
#br
[[Matlab]]も参照のこと.
>> nc=netcdf('output_file','r'); % open netcdf file wit...
>> tind=10; N=32; % tind: record numb...
>> zeta=squeeze(nc{'zeta'}(tind,:,:));
>> sst=squeeze(nc{'temp'}(tind,N,:,:)); % temp(time,...
>> close(nc); % close netcdf file
>>
>> nc=netcdf('grid_file','r');
>> lon=nc{'lon_rho'}(:); % (:) means (y,x) (o...
>> lat=nc{'lat_rho'}(:);
>> mask=nc{'mask_rho'}(:);
>> close(nc);
>>
>> mask(mask==0)=NaN; % make land points NaN
>> cax=[10 30]; % min & max of the data to display
>> figure; pcolor(lon,lat,sst.*mask); caxis(cax); shadin...
アニメーションを作成する場合は,Matlabで作成したFigureをh...
$ ffmpeg -threads 8 -r 10 -i frame.%05d.jpg -sameq outpu...
のようにすれば動画ファイルが作成できる.
#br
** Matlabを使って連番ファイルを作る例(>>は省略) [#j0faa...
#br
% start plotting
%
clear all;
close all;
%
iframe=0; % initialize counter
%
for nfile=0:12:120; % start loop on nfile
%
snum=sprintf('%04g',nfile); % convert nfile into s...
roms=['/home/foo/ROMS/project1/roms_his' snum '.nc'];
nc=netcdf(roms,'r');
ntime=length(nc{'ocean_time'}(:)); % get number of...
%
for tind=1:ntime; % start loop on tind
%
sfig=sprintf('%05g',iframe);
fname=['../figure/jpg/fig_' sfig '.jpg']; % ...
sst=nc{'temp'}(tind,N,:,:);
%
% you can play around the following portion
%
figure;
pcolor(lon,lat,sst.*mask);
shading flat;
caxis(cax);
colorbar;
%
print('-djpeg60',fname);
close all; % close all of figures
iframe=iframe+1; % counter increment
end; % end loop on tind
%
close(nc);
%
end; % end loop on nfile
%
End:
#br
* ROMSの図化(簡易版) [#l1fcca2c]
#br
計算結果の簡単なチェックには「ncview」が便利です.論文や...
#br
* ncviewを使う [#i874d64d]
#br
$ ncview SCB2_avg.1770.nc
あるいは連番ファイルを一気に表示させることもできる.
$ ncview SCB2_avg.*.nc # ディレクトリ...
$ ncview SCB2_avg.0???.nc # 0000から0999まで
$ ncview SCB2_avg.0[0-2]??.nc # 0000から0299まで
-ncviewで好きな画像を表示させる。
--「Print」をクリック、DeviceをFileにして.ps形式(postscr...
$ convert filename.ps filename.jpg
などを使って好きなファイルフォーマットに変換する。
編集したい場合は、例えば「gimp」を使う。
$ gimp filename.jpg
#br
** ncviewを使って簡易アニメーションを作成する. [#a5bdc477]
#br
$ ncview -frames roms_out.????.nc
ncviewでアニメーションを表示させると,frames.00000.ppmの...
// $ ffmpeg -threads 8 -r 10 -i frame.%05d.ppm -sameq out...
$ ffmpeg -threads 8 -r 20 -i frame.%04d.png -qscale 0 ou...
// $ ffmpeg -threads 8 -r 20 -i frame.%05d.ppm -qscale 0 ...
これで「output.avi」というムービーファイルが作成される....
''注意点'':出力フォーマットによってはWindowsやMacでは再...
Windows XP + Powerpoint 2000の組み合わせでは、以下のよう...
$ mencoder input.avi -ovc lavc -lavcopts vcodec=msmpeg4v...
あるいは,
$ mencoder input.avi -o output.wmv -of lavf -oac lavc -o...
ここで、input.aviは入力ファイル(ncviewからの.ppmファイル...
なお,上記はmencoderのオプションのほんの一例であるので,...
再生する時は,例えば「mplayer」を使う.
$ mplayer -loop 0 output.avi
--「-loop 0」オプションを指定すると,アニメーションが繰り...
#br
** Matlabを使う。 [#hbecd62a]
#br
[[Matlab]]も参照のこと.
>> nc=netcdf('output_file','r'); % open netcdf file wit...
>> tind=10; N=32; % tind: record numb...
>> zeta=squeeze(nc{'zeta'}(tind,:,:));
>> sst=squeeze(nc{'temp'}(tind,N,:,:)); % temp(time,...
>> close(nc); % close netcdf file
>>
>> nc=netcdf('grid_file','r');
>> lon=nc{'lon_rho'}(:); % (:) means (y,x) (o...
>> lat=nc{'lat_rho'}(:);
>> mask=nc{'mask_rho'}(:);
>> close(nc);
>>
>> mask(mask==0)=NaN; % make land points NaN
>> cax=[10 30]; % min & max of the data to display
>> figure; pcolor(lon,lat,sst.*mask); caxis(cax); shadin...
アニメーションを作成する場合は,Matlabで作成したFigureをh...
$ ffmpeg -threads 8 -r 10 -i frame.%05d.jpg -sameq outpu...
のようにすれば動画ファイルが作成できる.
#br
** Matlabを使って連番ファイルを作る例(>>は省略) [#j0faa...
#br
% start plotting
%
clear all;
close all;
%
iframe=0; % initialize counter
%
for nfile=0:12:120; % start loop on nfile
%
snum=sprintf('%04g',nfile); % convert nfile into s...
roms=['/home/foo/ROMS/project1/roms_his' snum '.nc'];
nc=netcdf(roms,'r');
ntime=length(nc{'ocean_time'}(:)); % get number of...
%
for tind=1:ntime; % start loop on tind
%
sfig=sprintf('%05g',iframe);
fname=['../figure/jpg/fig_' sfig '.jpg']; % ...
sst=nc{'temp'}(tind,N,:,:);
%
% you can play around the following portion
%
figure;
pcolor(lon,lat,sst.*mask);
shading flat;
caxis(cax);
colorbar;
%
print('-djpeg60',fname);
close all; % close all of figures
iframe=iframe+1; % counter increment
end; % end loop on tind
%
close(nc);
%
end; % end loop on nfile
%
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